O forte São Luiz é datado de 1567 e teve sua efetiva construção entre 1769 e 1770, durante o governo de Luiz de Almeida – 2º Marquês do Lavradio. A fortificação foi concluída em 1775. Alguns anos mais tarde, porém, seu comando foi extinto, e sua guarnição incorporada à da Fortaleza de Santa Cruz. O Forte permaneceu abandonado entre 1831 e 1863, até sua reativação, em decorrência da "Questão Christie".